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E.coli DNA是一种催化双链 DNA的 5'-磷酸和 3'-羟基形成磷酸二酯键的NAD+ 依赖性连接酶。该酶易催化双链DNA粘性末端的连接，也可作用于有缺口的DNA末端。在高浓度PEG或Ficoll®等试剂作用下，也可连接DNA的平滑末端。随酶提供10X反应缓冲液。
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T3 DNA连接酶可连接平末端和粘性末端，也可修复双螺旋DNA单链上的缺口。在缺少20%-30%的PEG 6000的条件下，T3 DNA连接酶连接平末端的效率很低。T3 DNA连接酶连接A/T突出末端的效率高于C/G末端。T3 DNA连接酶的推荐浓度为300mM，其在1.0M NaCl或KCl的条件下可保持95%的活性。
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T4 DNA连接酶可催化双链DNA或RNA的 5′-磷酸末端和 3′-羟基末端形成磷酸二酯键。该酶不仅能有效的催化平末端或粘性末端 DNA 之间的连接，还可以修复双链 DNA、RNA 或 DNA/RNA 杂交双链中的单链缺口[1]。
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MCLAB的截短型T4 RNA连接酶2是为了满足新一代RNA测序技术而开发的。该截短型T4 RNA 连接酶2（T4 RNL2）可特异性地将DNA或RNA的预腺苷酰化5’末端连接到RNA 3’末端。该酶连接时不需要ATP，但需要预腺苷酰化底物。因为没有额外的ATP参与，该反应可显著降低RNA分子之间的随机连接。与全长的T4 RNA连接酶2不同，T4 RNL2截短型不能将底物的5’末端腺苷酰化，因此无法将RNA或DNA的5’磷酸末端连接到RNA 3’端。
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T4 RNA连接酶1可催化ATP水解为AMP和PPi，并利用该反应释放的能量催化 3'→5' 磷酸二酯键的形成，使核苷酸的5' -磷酸末端和 3'-羟基末端连接。作用底物包括单链 RNA、DNA 及二核苷焦磷酸。
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T4 RNA 连接酶2，又被称为T4 Rnl-2（gp24.1），同时具有RNA链分子间和分子内连接活性。
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T7 DNA连接酶可催化双链DNA的5’-磷酸基和3’-羟基形成磷酸二酯键。该酶不仅能有效的催化平末端或粘性末端 DNA 之间的连接，还可以修复双链 DNA中的单链缺口。
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Taq DNA连接酶可催化双链DNA中相邻的5’-磷酸基和3’-羟基形成磷酸二酯键。NAD+是该酶的辅助因子。
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